Le Collège Industriel de Varennes, c'était le nom du Collège Saint-Paul, a été fondé en 1854 par Mgr Désautels, alors curé de la paroisse Ste-Anne de Varennes. II a été construit vers 1855 sur la partie nord de la terre Deguise, acquise par la fabrique de la paroisse Ste-Anne, le 10 mai 1855.
À compter du moment de sa construction, et ce, pendant 99 ans, les commissaires d'école doivent payer annuellement la somme de 1 000 $ au seigneur, l'évêque de Montréal, fonction occupée à cette époque par Mgr Ignace Bourget.
Le Collège fut d'abord confié aux frères Joséphites (Frères de Ste-Croix) puis, en 1862, à des prêtres séculiers. On y dispense alors le cours classique et l'établissement prend le nom de Lycée de Varennes. En 1882, il est incorporé sous le nom de Collège Commercial de Varennes et demeure sous le haut patronage de l'archevêque de Montréal.
En 1885-86, le Collège compte plus de 100 élèves inscrits en classe préparatoire, en élément de français, en syntaxe, belles-lettres et classe d'affaires.
Les matières enseignées sont nombreuses : grammaire française, exercices de mémoire, thèmes français, histoire sainte, géographie, arithmétique, lecture anglaise, conversation anglaise, thèmes anglais, histoire du Canada, histoire de France, calligraphie, droit commercial, termes de commerce, correspondance commerciale, etc.
L'établissement connaît des jours prospères, puis sa popularité décline peu à peu.
Le 10 août 1899, les 101 élèves du Lycée de Varennes font la retraite prêchée par Mgr Régis Bonin, chanoine et curé de la paroisse. De ces élèves, répartis en quatre classes, on compte dix-neuf pensionnaires.
En 1899, le nouvel archevêque de Montréal, Mgr Paul Bruchési, ancien élève des Frères des écoles chrétiennes, prie les autorités de cette communauté religieuse d'accepter la direction de l'établissement. Les supérieurs accèdent à cette demande. L’Institution devient alors le Collège Saint-Paul, nom patronymique de Mgr Bruchési. Deux frères viennent s'établir à Varennes, rejoints bientôt par quatre autres.
L'un d'eux, Auguste Routhier, Fr. Radulphus en communauté (1867-1941), y restera pendant vingt-huit ans. Frère Olippius devient le directeur du Collège et occupera ce poste jusqu'en 1908. Il est aussi le directeur musical et le fondateur du choeur de chant « Palestrina ».
En 1901, M. Louis-Aimé Massue, maire de la paroisse et M. Ambroise Provost, maire du village, proposent que : « La fabrique de la paroisse Ste-Anne de Varennes transporte la propriété pleine et entière et à perpétuité du Collège et du terrain sur lequel il est bâti tel qu'occupé actuellement par la corporation dudit Collège aux F.é.c. ». L'archevêque de Montréal charge alors les frères de l'enseignement aux garçons.
Mgr Bruchési abandonne en faveur des Frères des écoles chrétiennes tous les droits qu'il pouvait avoir sur cette institution autrefois connue sous le nom de Lycée de Varennes. En avril 1901, les autorités de Varennes remettent aux frères le Collège, ses dépendances et un lopin de terre limité par les rues Youville et Saint-Joseph.
Sont signés devant notaire, le 6 août 1901, l'acte de donation du Collège par la fabrique, et le 9 août 1901, l'acte de donation du Collège par Mgr Bruchési. En juin 1901, les 154 élèves se répartissent ainsi : 36 pensionnaires, 23 demi-pensionnaires, 24 quart-pensionnaires et 71 externes. Ces élèves vont constituer le groupe des « enfants de chœur », de la chorale et autres mouvements.
Pour l'année scolaire 1909-10, on dénombre 112 élèves; en 1930, ils sont 135, et en 1957, 283. Le Collège ne recrute que des garçons, en majorité pensionnaires. Ainsi, en 1957, 260 élèves sont pensionnaires. L'instruction est assurée par quinze membres religieux et deux laïcs; elle s'étale de la 5e année à la 9e inclusivement.
Vers 1940, les frais de scolarité varient de 25 $ à 30 $ et il en coûte 18 $ environ pour la pension, mensuellement. À ces frais s'ajoutent: le blanchissage (1,50 $ / mois), le lait (0,5 0$ / mois) et le cours de dactylographie (10$ / année). Les sommes à débourser diminuent pour les cadets d'une même famille.
À l'origine, le Collège épouse la forme d'un « T » avec toit à lucarnes. En 1890, l'aile de 30 pieds sise à l'arrière est démolie. Avec les matériaux récupérés, une allonge ayant façade sur la rue Ste-Anne est érigée sur le côté ouest du bâtiment.
Construit en briques, le Collège possède alors deux entrées principales; l'une d'elles donnant accès à la chapelle, l'actuelle bibliothèque, sera condamnée par la suite. Une clôture de bois ceinture la construction.
En 1902, une aile à toit plat, de 45 pieds de façade sur 50 pieds de profondeur, s'ajoute du côté est. En 1917, on construit un kiosque en bordure du fleuve; puis un Calvaire et une grotte de Lourdes, oeuvre du Frère Zacharie, préfet de discipline, s'ajoutent à l'aménagement.
La piété fleurit au Collège Saint-Paul: messe quotidienne, réception fréquente des sacrements, congrégations de la très Sainte Vierge et du très Saint Enfant-Jésus, cercle de la jeunesse catholique préparent les élèves aux luttes de l'avenir en gardant au Christ leur adolescence.
Ainsi, en 1921-22, les élèves remettent l'argent de leurs prix de fin d'année pour l'érection d'une statue du Sacré-Coeur.
En 1953, le frère directeur, Frère Bonaventure, préside à la construction de la salle qui porte encore son nom. En 1972, les élèves de la première secondaire suivent leurs cours dans l'annexe, soit l'ancien Pensionnat Notre-Dame-du-Sacré-Coeur, l'actuel Hôtel de Ville. Ils y resteront jusqu'en 1976.
C'est aussi en 1972 que l'institution accueillera, pour la première fois, des filles comme élèves.
À cette époque, le Collège est un pensionnat pour garçons et un externat pour garçons et filles. 1977 marque la fin de l'inscription des pensionnaires.
Le Pensionnat Saint-Paul devient alors École-Secondaire-Saint-Paul-de-Varennes; l'établissement conservera ce nom jusqu'en 1996. Il a alors repris le nom de Collège Saint-Paul.